大腸桿菌是人和許多動物腸道中數量最多且最主要的一種細菌，能運動，周身鞭毛，無芽孢，主要生活在大腸中，能發酵多種糖類產氣、產酸，是人和動物腸道之中的正常棲居菌。大腸桿菌其代謝活動還能對蛋白質分解產物的微生物生長予以抑制，從而減少其對人體的危害。

近些年來，PCR技術在分子生物學領域得到了迅速發展，并且在現代分子生物學的發展中發揮著非常重要的作用。其基本原理是在四種脫氧核糖核苷酸和模版DNA以及引物的存在下，依靠DNA聚合酶的酶促合成反應。利用PCR技術能夠使DNA片段與基因在體外獲得特異、快速的擴增。其主要步驟是DAN變形、退火以及延伸。PCR技術被運用于快速檢測大腸桿菌，主要步驟是首先濃縮待測菌細胞，經離心沉淀或濾膜過濾將細菌細胞從待檢樣品中提取出DNA，然后運用PCR技術擴增靶細胞DNA的特異序列，最后用探針或電泳檢測擴增的序列。運用PCR技術來檢測大腸桿菌雖然具有較高的靈敏度，然而對于大腸桿菌的定量分析卻存在一定難度。因此運用酶底物法程控定量封口機檢測水中大腸桿菌就是現下最為常見的方法之一。

基因芯片技術同樣發展迅速，化學、計算機學、生命科學等多種學科均被它聯結了起來，擁有極強的交叉性，是當前的研究熱點。基因芯片技術]就是指利用已經設計好的寡核苷酸或者基因片段按照特定的順序緊密地排列在芯片上，熒光標記分子經PCR擴增進入微生物樣品的DNA，然后和芯片上的寡核酸點雜交，并通過熒光波長掃描儀，最后利用計算機軟件將待檢樣品的含量分析出來。運用基因芯片技術對食品中的大腸桿菌進行檢測，其靈敏度可達2pg。氣相色譜和高效液相色譜法,氣相色譜原理就是將大腸桿菌細胞經水解、分解、提取以及甲基化、硅烷化等衍生化處理之后，使其盡可能分理出更多的化學組分，然后供氣相色譜儀進行檢測分析。液上氣相色譜分析法又成為頂空氣相色譜法，它是通過檢測食品或培養基密封系統頂部的微生物其揮發性代謝產物二氧化碳，從而對微生物予以分析和鑒定。將液上氣相色譜分析法運用于分析食品受大腸桿菌污染程度，能夠避免冗長的樣品前處理過程，從而避免有機有機溶劑夾帶的雜質干擾分析，還能減少對進樣口以及色譜柱的污染。與傳統方法相比，液上氣相色譜分析法檢測快速準確、而且靈敏度高。

運用高效液相色譜法來檢測大腸桿菌，主要是指運用變性高效液相色譜法。其原理就是將柱溫升高，使DNA片段開始變性，然后用較低濃度的乙腈將部分變性的DNA洗脫下來。由于同源雙鏈DNA與異源雙鏈DNA其解鏈特征不同，在同等變性條件下，異源雙鏈被色譜柱保留的時間比同源雙鏈短，故而能夠被先行洗脫下來，從而在色譜圖中呈現為雙峰或多峰的洗脫曲線。運用變性高效液相色譜法來檢測食品中的大腸桿菌，具有操作容易，檢測靈敏度高，準確性高，結果重復性高，速度快等優點。綜上，除了上述列舉的檢測方法之外，還有諸如核算雜交技術、ELISA法、IFA法、生物傳感法等等。一般情況下，都是對多個方法予以聯合使用，從而縮短檢測時間和提高檢測的準確性。